– Du bestämmer, vaccin eller så kommer jag att låta fängsla dig, sade Duterte i ett tv-sänt tal på måndagen.
Hotet sker mot bakgrund av rapporter om svalt intresse bland filippinier för att vaccinera sig, bland annat har flera vaccinkliniker i Manila på sistone haft låga besökssiffror.
– Missförstå mig inte, en kris pågår i det här landet, sade Duterte.
– Jag irriterar mig bara på filippinier som inte lyssnar på regeringen.
Hittills har Filippinerna registrerat omkring 1,3 miljoner fall av covid-19, och fler än 23 000 dödsfall.
Fram till i söndags hade 2,1 miljoner invånare blivit färdigvaccinerade mot viruset. Regeringens mål är att vaccinera upp till 70 miljoner av landets runt 110 miljoner invånare före årets slut.