Händelsen ska ha inträffat i lördags när den filippinska kustbevakningen eskorterade fartyg med förnödenheter till de omtvistade Spratlyöarna i Sydkinesiska sjön, där filippinsk militär är stationerad.
Filippinerna kallar agerandet olagligt och farligt.
"Den filippinska kustbevakningen fördömer starkt den kinesiska kustbevakningens farliga manövrar och illegala användning av vattenkanoner mot kustbevakningsfartygen", heter det i ett uttalande.
Kina anser å sin sida att de filippinska båtarna olagligt kommit in på deras vatten och att man därför vidtagit "nödvändiga åtgärder".
Enligt Gan Yu, talesperson för Kinas kustbevakning, har åtgärderna genomförts "i enlighet med lagen och stoppat filippinska fartyg som transporterade olagliga byggmaterial".
– Två reparationsfartyg och två kustbevakningsfartyg från Filippinerna bröt olagligt in i vattnet, säger Gan Yu.
Kina gör anspråk på nästan hela havet, men även Brunei, Malaysia, Filippinerna, Taiwan och Vietnam anser att de har rätt till delar av de handelstäta farvattnen