"Som tur var skadades ingen, men våra båtar var tvungna att avbryta sina leveranser," säger Filippinernas utrikesminister Teodoro Locsin.
Teodoro Locsin skriver i ett uttalande att de tre kinesiska kustbevakningsfartygens agerande var olagligt och att de måste "visa hänsyn och backa".
Filippinerna anser att de har rätt till området där deras militär är stationerad och Locsin säger sig vara rasande på Kinas agerande.
Spänningarna har det senaste året tilltagit runt eftertraktade Sydkinesiska sjön, som tros innehålla stora olje- och gasresurser. Kina gör anspråk på nästan hela havet, men även Brunei, Malaysia, Filippinerna, Taiwan och Vietnam anser att de har rätt till delar av de handelstäta farvattnen.
Filippinska styrkor kommer inte att avskräckas från att resa till området efter händelsen, enligt Filippinernas överbefälhavare Hermogenes Esperon.
– Vi kommer att fortsätta att leverera och vi måste inte be om lov från någon eftersom det är inom vårt område, säger han.
Enligt Kinas utrikesdepartement utlöstes händelsen om att två filippinska fartyg gick in i vattnen "utan Kinas medgivande". Agerandet var lagligt då det syftade till att "värna Kinas suveränitet", enligt departementets talesperson Zhao Lijian.
Han beskriver som läget kring atollen som i allmänhet fredligt, och säger att länderna kommunicerar kring händelsen.