Det skriver hon i ett skriftligt uttalande efter att hon varit i kontakt med Finlands statsminister Petteri Orpo och hans estniska kollega Kaja Kallas.
"Våra rörledningar och undervattenskablar förbinder medborgare och företag över hela Europa och med resten av världen. De är livlinor för finansmarknader och global handel", fortsätter on der Leyen och konstaterar att det är andra gången på drygt ett år som den här typen av kritisk infrastruktur skadas.
Sprängningarna av gasledningarna Nord Stream i Östersjön inträffade i september i fjol.
"Endast genom att arbeta tillsammans kan vi motverka dem som försöker undergräva vår säkerhet och säkerställa att vår kritiska infrastruktur förblir robust och pålitlig inför föränderliga hot".
Även svenskt stöd utlovas, av statsminister Ulf Kristersson (M):
"Jag har haft ett längre samtal med Finlands statsminister Petteri Orpo. Jag lovade honom svenskt stöd till Finland för att få veta vad och vem som ligger bakom den förstörda gasledningen mellan Finland och Estland", skriver han på X, tidigare Twitter.
Ett liknande löfte gavs även av utrikesminister Tobias Billström (M) tidigare under tisdagen.