En man i 70-årsåldern rapporteras ha dött när hans bil sveptes med i en flodvåg.
Händelsen har kallats för en "historisk väderhändelse" som har överstigit "allt någonsin dokumenterat sedan man började mätningarna 1949", enligt det statliga nyhetsbolaget Wam.
Skolor har fått stänga och myndighetspersonal uppmanas att jobba hemifrån. Myndigheter har samtidigt skickat ut tankbilar till gator och vägar för att försöka pumpa bort vattnet. Många vägar och områden saknar avlopp eftersom det regnar oregelbundet i landet.
På Dubais flygplats tvingades man stoppa alla ankomster under tisdagskvällen. Under onsdagen medgav flygplatsen att översvämningarna hade ställt till det och påverkat flygtrafiken. Bland annat har personal inte kunnat ta sig till flygplatsen.
"Återhämtningen kommer att ta lite tid", enligt uppgifter från flygplatsen på plattformen X. "Vi tackar er för ert tålamod och er förståelse medan vi arbetar oss igenom dessa utmaningar."
I grannlandet Oman har minst 18 personer dött i de stora regnovädren de senaste dagarna. Bland annat dog tio skolbarn och en vuxen när en skolbuss sveptes med i översvämningarna, enligt nationella räddningsmyndigheter.