Presidentens kansli har utlyst en 40 dagar lång sorgeperiod och en tre dagar lång ledighet som gäller både offentlig och privat sektor med start på fredagen.
Den framlidne presidenten hade för länge sedan slutat vara en del av det dagliga arbetet, som i hög utsträckning lämnats över till hans bror, Abu Dhabis kronprins Mohammed bin Zayed.
Sheikh Khalifa bin Zayed Al-Nahyan blev 73 år gammal.