Inga skador har rapporterats då delar av roboten föll ner över ett obefolkat område, enligt den statliga nyhetsbyrån WAM. Var bråten landade har inte meddelats.
Som svar på attacken ska uppskjutningsplatsen i regionen al-Jawf i Jemen ha förstörts, enligt det emiratiska försvarsdepartementet.
Attacken skedde samtidigt som Israels president Isaac Herzog var på besök i landet, det första officiella av en israelisk statschef. Hans besök kommer att fortsätta som planerat, enligt ett uttalande.
Landet säger sig ha beredskap för att hantera hot och "kommer att vidta nödvändiga åtgärder för att skydda Förenade Arabemiraten från alla attacker".
Händelsen påverkar inte flygtrafiken, som fortsätter som vanligt, enligt myndigheterna. Med bolagen Emirates och Etihad är Arabemiraten ett stort internationellt flygnav.
Huthirebellerna har inte kommenterat händelsen men meddelar att det "under de närmaste timmarna" ska komma ett uttalande om en operation i grannlandet. Rebellerna har varnat för ytterligare attacker mot Emiraten.
Det är den tredje attacken mot Emiraten den här månaden, där tre människor dödades i en drönarattack i mitten av januari.
Förenade Arabemiraten utgör en del av den saudiskledda koalition som bekämpar de Iran-stödda Huthirebellerna.