Förbudet är nödvändigt eftersom både kameler och sköldpaddor har dött till följd av plasten, enligt emiratets ledning.
En avgift på motsvarande knappt 70 svenska ören ska införas från och med 1 juli, lyder ett uttalande.
"Hållbarhet har blivit en nödvändighet på ett globalt plan", skriver styret och betonar vikten av att förändra "beteenden i samhället på ett sätt som minskar individens klimatavtryck".
En del mataffärer i staden har redan börjat uppmana allmänheten att ta med sig egna återanvändbara påsar när de ska handla.