Enligt Marc Rochet, chef för de franska flygbolagen Bee och Air Caraibes som trafikerar den drabbade terminalen, lyfte flyg med förseningar på mellan en och tre timmar – och utan det bagage som hade checkats in.
– Vi hade inget annat alternativ, annars skulle hela systemet blockeras, säger han till AFP.
Flygplatsoperatören ADP uppskattar att runt 10 000 passagerare på 40 flyg påverkats då allt bagage måste hanteras för hand. Någon orsak till haveriet har ännu inte fastställts.
Transportministern Clement Beaune kallar situationen "oacceptabel". För bara några veckor sedan lade regeringen fram en rad förslag för att förbättra kvaliteten på tjänsterna inför de olympiska spelen nästa år som Paris är värd för.
– Det här är precis den typ av konkreta saker som vi behöver titta på. När en länk i kedjan brister har du ett riktigt stort problem, säger Beaune.