Domstolen har funnit laglig grund för att anklaga Buzyn för att ha utsatt andra för livsfara.
Däremot har domstolen inte funnit tillräckliga grunder för den andra möjliga anklagelsepunkten mot Buzyn; att ha misslyckats i att stoppa pandemin.
Buzyn, som själv är läkare, välkomnar möjligheten att ge sin bild och "fastslå sanningen", sade hon när hon framträdde i rätten för första gången under fredagen.
I början av pandemin sade Buzyn, som då var hälsominister, bland annat att det "i praktiken inte finns någon risk" att importera sjukdomen från Wuhan i Kina. Senare hävdade hon att risken för att pandemin skulle spridas i Frankrike var mycket liten.
Specialdomstolen, som har befogenheter att anklaga ministrar, har i sin tur kritiserats för att gå för långt.