Landets utbildningsminister Gabriel Attal meddelade för några dagar sedan att kaftanliknande plagg som oftast bärs av muslimer, abaya för kvinnor och flickor och khamis för pojkar och män, skulle förbjudas när det nya skolåret startade.
Macron sade att "vi vet att det kommer bli fall" med studenter som testar regeln, inklusive vissa som försöker "utmana republikens system". Enligt presidenten kommer eleverna inte att kunna ta sig in i klassrummen, och betonade att "vi kommer att vara obevekliga i frågan".
Om det behövs kommer "särskild personal" att skickas till "känsliga" skolor för att hjälpa rektorer och lärare och för att diskutera med elever och familjer, fortsatte presidenten.
Abayan är ett kaftanliknande plagg som täcker större delen av kroppen förutom ansiktet, händerna och fötterna, och som ibland bärs av muslimska kvinnor.
Beskedet om den nya regeln kom efter en flera månader lång debatt i Frankrike om huruvida det ska vara tillåtet att bära abaya i landets skolor. Den politiska högern och ytterhögern har tryckt på för att förbjuda plagget, medan vänstern har argumenterat för att ett förbud skulle inskränka elevernas medborgerliga rättigheter.
Religiösa symboler och huvudbonader är förbjudna i franska skolor sedan 2004. Förbudet utvidgades under 2007 till att omfatta yrken inom offentlig sektor. Sedan våren 2011 är det också förbjudet att täcka ansiktet i det offentliga.