Beskedet kan ses mot bakgrund av det stora tillbakadragande som redan gjorts från Mali och Burkina Faso, där franska styrkor i åratal bekämpat militanta jihadister.
– Förändringen kommer att äga rum de kommande månaderna, med en avsevärd minskning av vårt antal (soldater) och en större närvaro på baserna av våra afrikanska partner.
Macrons uttalande kommer två dagar innan han påbörjar en rundresa på den afrikanska kontinenten.
Enligt planen ska den franske presidenten besöka Gabon, Angola, Kongo-Brazzaville och Kongo-Kinshasa. Resan tolkas också som ett svar på det ökande Afrikaintresset från Ryssland och Kina – även om det sistnämnda landet en länge tid har etablerat starka band med flera länder på kontinenten.
Macron, som meddelade planen i ett tal från Elyséepalatset på måndagen, benämnde den kommande franska Afrikapolitiken som "ett nytt säkerhetspartnerskap" och början på en "ny era".
Den franske presidenten underströk att landet nu måste sluta att lägga sig i de afrikanska länder som de har varit kolonialmakt över och dessas egna angelägenheter, samt att synen på Afrika som Frankrikes "bakgård" är felaktig.
– Och jag ska vara mycket tydlig. Det är inte Frankrikes uppgift att fixa alla problem i Afrika, fortsatte han längre fram i talet.