Bilongo höll ett anförande i syfte att utmana regeringen om migranter som lämnas till havs när de Fournas utfall kom. Bilongo, som ingår i vänsteralliansen Nupes, är född i Frankrike med föräldrar som invandrat från södra Afrika.
På fredagen säger han sig vara "djupt sårad" över det inträffade.
Parlamentet valde samtidigt att sanktionera Grégoire de Fournas, som tillhör extremhögerns falang. Han stängs av i 15 dagar från parlamentet, utan lön. Sanktionen är ovanligt skarp, skriver AFP.
Våg av kritik
Händelsen har utlöst en våg av kritik och fördömanden, men också en förnyad diskussion kring den illa dolda rasismen inom den franska högern. Grégoire de Fournas är parlamentariker i Marine Le Pens högerextrema parti Nationell samling (RN), ett av landets tre största oppositionspartier.
Marine Le Pen hävdar på Twitter att han ”bara” avsåg båtflyktingar i allmänhet – inte att just Bilongo skulle "åka tillbaka" till Afrika.
"Extremhögerns sanna ansikte"
Oavsett vem kommentaren var menad för så visar den på rasism gentemot svarta, menar franska antirasismorganisationer. Gruppen SOS Racisme kallar de Fournas utfall "extremhögerns sanna ansikte: det rasistiska".
"Jag står helt och hållet fast vid mina kommentarer om den anarkistiska migrationspolitiken i vårt land", skriver de Fournas på Twitter på fredagen.
President Emmanuel Macron är djupt oroad av det "oacceptabla" uttalandet, meddelar Élyséepalatset.