Det var på väg in till EU-ländernas utrikesministermöte i spanska Toledo på torsdagsmorgonen som Borrell uttryckte att man inte kan jämföra kuppen i Gabon med exempelvis kuppen i Niger i juli.
– Militärkupper är såklart inte lösningen, men vi får inte glömma bort att det hade skett ett val i Gabon som var fullt av oegentligheter. Om jag använder ett val för att lura mig till makten så är det också ett oegentligt sätt att använda makt, sade Borrell, och talade om "militära statskupper" kontra "institutionella".
Gabons nu avsatte president Ali Bongo – vars familj har styrt Gabon i över 50 års tid – tillskrevs i presidentvalet nyligen segern efter ljusskygg rösträkning. Inga internationella observatörer följde valförfarandet.
Borrell förtydligade sig dock i ett senare skriftligt och officiellt uttalande om Gabon, där "allt maktövertagande med våld" avvisas.
"EU delar den allvarliga oron kring valprocessen som föregick militärkuppen, men inkluderande och innehållsrik dialog som säkerställer respekt för rättsstatens principer och mänskliga rättigheter är rätt sätt att garantera det gabonesiska folkets vilja, snarare än våld", heter det från Borrell.