Jordbävningen, som preliminärt har magnituden 6,3, kom strax före klockan halv ett lokal tid. Skalvets centrum var under havet utanför öns ostkust.
Senare har mindre skalv, som tros vara efterskalv, kommit i området.
Det finns inledningsvis inga rapporter om allvarliga skador. Enligt myndigheterna kontrollerar polis och räddningstjänst om det finns skador på byggnader på östra Kreta.
Skalvet ska även ha känts på öarna öster om Kreta, bland annat Karpathos, Kassos och Rhodos.