De två lastbilschaufförerna kommer att vinschas från fartyget med helikopter. Experter på räddningsinsatser behöver assistera vid operationen på grund av den tjocka röken, uppger kustbevakningen.
– Det är en farlig insats och vi måste vara försiktiga, säger Costas Katsafados, viceminister för sjöfart till ERT.
Det kommer att dröja innan man får fram en fullständig passagerarlista, tillägger han.
Branden bröt ut på det Italienflaggade fartyget Euroferry Olympia i Joniska havet på fredagsmorgonen. Fartyget var på väg till Italien från den grekiska fastlandsstaden Igoumenitsa. Brandlarmet gick vid klockan halv fem lokal tid, när det passerade strax norr om ön Korfu.
Videoklipp som publiceras i grekiska medier, som statliga ERT, visar hur det 183 meter långa fartyget står i full brand, med öppna lågor på däck, och hur mängder av svart rök stiger från det.
Omkring 280 personer som befann sig ombord har evakuerats, enligt myndigheterna. Passagerare och besättning har förts till Korfu i mindre båtar. Flera personer vårdas på sjukhus på Korfu för andningssvårigheter.
Branden kommer att utredas, meddelar grekiska myndigheter.