Branden pågick fortfarande sent på söndagskvällen, enligt journalister på plats. Men myndigheter sade att man hade kontroll över branden.
Samtliga i lägret ska ha lämnat området.
Lägret, kallat Vathy, har omkring 300 boende som väntar på att förflyttas till ett helt nybyggt läger. Det nya lägret invigdes av migrationsminister Notis Mitarachi i helgen.
Den nybyggda anläggningen på Samos har kritiserats för att vara "stängd".
– Det nya "stängda lägret" kommer att ge värdigheten åter till de människor som söker internationellt skydd, sade Mitarachi vid invigningen