En av dem skulle vittna i en rättegång där den tidigare premiärministern Benjamin Netanyahu är inblandad, meddelar Israels åklagarmyndighet.
Netanyahu är bland annat anklagad för korruption.
Det 69-åriga vittnet omkom i kraschen tillsammans med sin hustru.
Det enmotoriga planet av modellen Cessna hade flugit från Israel till ön Samos. Det försvann från radarn strax innan det skulle ha landat.
En fiskare som bevittnat händelsen som inträffade nära ön Samos på måndagen har uppgett att han hört två explosioner, uppger luftsäkerhetsmyndigheten. Orsaken till kraschen är dock inte fastställd, och ska utredas.
Flygplansvraket hittades på runt 33 meters djup och två kilometer söder om flygplatsen.