"Det finns många avvikelser, motsägelser och framför allt variationer i datan", skriver Hoppets nationella union (UNE) i ett uttalande, som också påstår att röstresultatet manipulerats.
Torres, som fick 37 procent i söndagens val, har ännu inte erkänt sig besegrad. UNE:s advokat Carlos López har gjort en anmälan hos åklagare och säger att valresultatet genom fusk ändrats i strid "med folkets vilja".
Gerardo Guerrero, som företräder Arévalos Frörörelsen, avfärdar i sin tur anklagelserna om valfusk som en "politisk och rättslig absurditet".
Arévalo överraskade stort när han fick näst flest röster i den första valomgången.
Det oväntade resultatet följdes, inför den avgörande andra omgången den 20 augusti, av räder mot Arévalos partikontor, vilket fick FN, EU och OAS (Organisationen för amerikanska stater) att slå larm om försök att störa den demokratiska processen.
Den centralamerikanska nationen är präglad av fattigdom, våld och korruption, och tusentals guatemalaner emigrerar varje år i jakt på ett bättre liv. Många av dem till USA.
Både Bernardo Arévalo och Sandra Torres är socialdemokrater. När Arévalo tillträder som president den 14 januari innebär det slutet på tolv år av högerstyre i landet.