Enligt lagen ska en kvinna som "har framkallat sin egen abort eller gett samtycke till någon annan att utföra den" få tio års fängelse. Straffet är tre gånger så hårt som nuvarande lagstiftning.
Landet förbjuder även undervisning om sexuell mångfald.
Lagen, som kallas "Liv och familjeskyddslagen", gick genom kongressen på internationella kvinnodagen i tisdags och börjar gälla när president Alejandro Giammattei skrivit under den.
Förespråkare för lagen anser att den är viktig för samhället, medan motståndare anser att den äventyrar kvinnors säkerhet, är diskriminerande och bryter mot mänskliga rättigheter.
– Att förlora en graviditet är förödande och den här lagen gör automatiskt en kvinna till misstänkt, medan hon sörjer sin förlust. De kriminaliserar och straffar missfall och det är farligt, säger kongressledamoten Lucrecia Hernandez från mittvänster-partiet Semilla.