Barn i åldrarna 1–5 år prioriteras, eftersom närmare hälften av kolerafallen har bekräftats i den åldersgruppen.
Vaccinationsinsatsen kommer främst att rikta in sig på de hårdast drabbade områdena, bland annat Cité Soleil, Delmas, Carrefour, Port-au-Prince och Mirebelai.
Hittills har landet tagit emot närmare 1,2 miljoner doser vaccin, och ytterligare nästan 500 000 ska levereras.
Kolerasmittan har blossat upp snabbt i landet sedan i oktober. Över 14 700 misstänkta fall har rapporterats, närmare 1 270 sjukdomsfall och drygt 290 dödsfall har bekräftats.
En vaccindos ger skydd i sex månader, medan två kan ge skydd i två år.