"Medan vi gläds åt denna frigivning är våra hjärtan hos de 15 personer som fortfarande hålls tillfångatagna", skriver organisationen i ett uttalande.
Missionärerna kidnappades av det ökända gänget "400 Mawozo" i mitten av oktober.
16 av dem är amerikanska medborgare, en är kanadensare. Fem av dem är barn. Även deras haitiska chaufför fördes bort.
Ledaren för gänget har hotat att döda dem om deras krav inte uppfylls. Enligt haitiska myndigheter handlar det om en lösesumma på en miljon dollar per person. Det är oklart om någon lösesumma har krävts för barnen.