Till följd av det får han böta motsvarande nästan 1 000 kronor för att ha brutit mot smittskyddsreglerna.
Tusentals motorcyklar deltog under en paroll som löd ungefär "Gasa för Kristus". Bolsonaro har börjat ta initiativ till flera liknande samlingar inför valet nästa år och kritiseras av meningsmotståndare som anser att han provokativt trotsar påbuden under pandemin.
Vid mc-paraden bar han inte mask, vilket reglerna påbjuder. Han ifrågasatte också tvärt att vaccinerade personer kan sprida viruset vidare.
São Paulos guvernör João Doria hamnar regelbundet på kant med presidenten och varnade honom för att arrangera samlingen. När Bolsonaro ändå gjorde det utfärdades boten.
Presidenten och många av Brasiliens guvernörer har tvistat under hela pandemin. Fler än 485 000 coviddrabbade har avlidit i landet.