Regeringens beslut kommer sedan antalet coronasmittade i staden ökat med drygt 2 250 fall det senaste dygnet.
Restriktionerna, vilka beskrivs som "extraordinärt hårda" av hälsominister Jaime Mañalich, ska träda i kraft på fredag och omfattar utöver Santiagos invånare samtliga medborgare i landet över 75 år.
– De kraftfullaste åtgärderna jag måste meddela är en total karantän i Storsantiago, säger Mañalich.
Omkring 6,5 miljoner människor bor i huvudstaden.
Cirka 34 400 fall av smittan har konstaterats i Chile. Omkring 350 människor har avlidit till följd av covid-19 enligt officiell statistik.