Paret flög in från huvudstaden Canberra och informerades på fredagen av en polis om att de var tvungna att tillbringa två veckor i hotellkarantän. I stället flydde paret från polisen och hoppade in i en väntande bil utanför flygplatsen, rapporterar lokala medier.
Dagen därpå anmälde de sig själva till poliskontoret i Goulburn i granndelstaten New South Wales, 66 mil från flygplatsen.
Hälsominister Martin Foley beskriver fallet som allvarligt, och säger att duon nu kan räkna med böter på minst 19 000 dollar var, motsvarande drygt 120 000 kronor.
Australien har hittills klarat sig relativt väl från coronavirusets framfart. Viruset var i princip försvunnet från landet, men ett utbrott i Avalon i norra Sydney i delstaten New South Wales har nyligen blossat upp, med totalt 122 fall.
Sju av dem upptäcktes på nyårsdagen i delstaten, och i Sydney med omnejd införs nu obligatoriska krav på munskydd i bland annat kollektivtrafiken, shoppingcenter och biografer.
I granndelstaten Victoria, där Melbourne ligger, har tio nya fall registrerats. Alla har kopplingar till utbrottet i Sydney.