"Att ta itu med den globala covid-19-pandemin är avgörande. Men andra dödliga sjukdomar hotar också miljontals barns liv i några av de fattigaste länderna i världen", säger Henrietta Fore, chef för Unicef, enligt ett uttalande.
Det krävs mera pengar och andra resurser för att genomföra vaccinationsprogrammen trots pandemin, enligt Unicef och WHO.
Statistik för 2018 i Nigeria, med cirka 200 miljoner invånare, visar att drygt hälften av barnen bara hade fått en av två vaccineringar mot mässling.
Även en form av polio, liksom gula febern, utgör dödliga risker i landet.
WHO:s generalsekreterare Tedros Adhanom Ghebreyesus påpekar att sjukvården, i motsats till fallet med covid-19, har både verktyg och kunskap för att effektivt kunna attackera sjukdomarna.
"Om vi gör det kommer barns liv att bli räddade", säger han enligt uttalandet.