Först i vaccinkön står sjukvårdspersonal och riskgrupper, skriver regeringen i ett uttalande.
Antalet upptäckta fall av covid-19 har ökat rejält i Somalia under de senaste veckorna. Totalt har landet, med 15 miljoner invånare, registrerat 367 dödsfall.
"Leveransen av covid-19-vaccin kommer i ett kritiskt läge då en ny våg just nu sveper över Somalia", säger hälsominister Fawziya Abikar Nur i ett uttalande.
Vaccinet levereras via det globala initiativet Covax, ett program för att få ut coronavaccin till fattigare länder.