66-åriga Merkel fick sin första dos av två på fredagen.
"Jag glädjer mig åt att ha tagit emot min första dos av Astra Zenecas vaccin i dag. Jag tackar alla som är inblandade i vaccinationskampanjen och alla som låter sig vaccineras. Vaccin är nyckeln till att ta sig ur pandemin", säger den 66-åriga förbundskanslern i ett uttalande på Twitter som vidareförmedlats av hennes talesperson Steffen Seibert.
Flera länder har pausat användningen av Astra Zenecas covid-19-vaccin efter rapporter om personer som drabbats av allvarliga biverkningar.
Tyska myndigheter rekommenderade nyligen att vaccinet endast ska ges till personer som är äldre än 60.