Planerna hade i förväg godkänts av myndighetsexperter.
– Med tanke på de (stabila) medicinska vård- och övervakningssystemen i dessa regioner anser vi att det är lämpligt att lyfta nödläget i dem, sade den ansvarige ministern Yasutoshi Nishimura inför Abes tal.
Det landsomfattande nödläget hade tidigare aviserats gälla till måndasskiftet maj–juni. Men då spridningstakten av coronaviruset har avtagit kraftigt lättar man redan nu på smittskyddsåtgärderna i stora delar av landet. I storstadsregioner som Tokyo och Osaka kommer dock restriktionerna vara fortsatt stränga.
– Vi har bekräftat att antalet nya fall har sjunkit till under nivåerna i mitten av mars när infektioner började spridas, säger Yasutoshi Nishimura.
Nästa vecka ska man utvärdera om ytterligare områden kan få lättade restriktioner.
Japans virusutbrott är fortfarande relativt litet jämfört med delar av Europa och USA, med drygt 16 000 bekräftade fall och 687 dödsfall.