Vietnam klarade sig relativt bra från coronaviruset under förra året men kämpar nu mot en allt snabbare smittspridning. Sedan slutet av april har närmare 3 600 personer smittats i landet, vilket är över hälften av det sammanlagda antalet fall under pandemin.
"Vietnam har upptäckt en ny variant av covid-19, som kombinerar egenskaperna hos de två befintliga varianter som först hittades i Indien och Storbritannien", sade Nguyen Thanh Long vid ett nationellt pandemimöte enligt statliga medier.
Han tillade att laboratorietester visat att varianten sprider sig snabbare än det ursprungliga viruset.
"Den nya varianten är mycket farlig", sade Nguyen Thanh Long.
WHO har inte kommenterat uppgifterna från Vietnam.
Sedan tidigare fanns sju kända virusvarianter i Vietnam, enligt hälsodepartementet.
Landet har i förhållande till sin befolkningsmängd, omkring 98 miljoner, drabbats mycket lindrigt av pandemin enligt den officiella statistiken.
Drygt 6 850 konstaterade fall har registrerats sedan virusutbrottet i fjol. Endast 47 dödsfall har registrerats.