Med 95 procent av rösterna räknade hade hans borgerliga parti MPD säkrat hälften av platserna, 36 av 72, i parlamentet. Återstår gör poströster som avgör de fyra platser som ännu inte har tillfallit någon kandidat.
Det turistberoende landet har lidit svårt under pandemin och ekonomin har varit i fritt fall. Landet är dessutom ett av de värst drabbade i Afrika, sett till smittade per capita.
– En stor seger, en seger för Kap Verde. Vi lyckades övertyga folket om att regeringens väg framåt är rätt väg i denna svåra tid, sade José Ulisses Correia e Silva till jublande anhängare i huvudstaden Praia.
Ledaren har suttit på sin position sedan 2016, men kan trots en annalkande valseger konstatera att hans parti tappat ett antal mandat sedan valet för fem år sedan.
Kap Verde, som ligger i Atlanten, 600 kilometer väster om Senegal, har i praktiken ett tvåpartisystem och oppositionspartiet PAICV har anklagat regeringen för att fortsätta kampanjandet in på valdagen, vilket inte är tillåtet i landet.
Som i de flesta andra val under pandemin har debatten dominerats av viruset och den fallande ekonomin. Önationens 550 000 invånare har sett ekonomin gå ner med runt 15 procent under pandemin. Samtidigt har smittotalen gått upp till 189 per 100 000 invånare, vilket är den högsta siffran i Afrika, även om det totala dödstalet enligt Johns Hopkins-universitetet i till exempel USA ligger på 192 personer.