Alla studenter i Seoul, staden Incheon och provinsen Geonggi, förutom motsvarande sistaårsstudenter på gymnasiet, kommer att studera över internet fram till den 11 september, meddelar utbildningsdepartementet.
Beskedet kommer efter att landets smittskyddsmyndighet rapporterat 280 nya fall vid midnatt på måndagen. I lördags rapporterades 397 nya fall, den högsta dagssiffran sedan i mars.
De flesta nya fallen har konstaterats i huvudstadsområdet, men enligt hälsomyndigheterna finns det risk för ett utbrott i hela landet och människor uppmanas därför att stanna hemma och begränsa resandet.
Skolstarten i våras sköts upp flera gånger men eftersom covid-19-fallen minskade rejält efter en topp i februari öppnade skolorna i etapper mellan den 20 maj och 1 juni.
De senaste två veckorna har minst 150 studenter och 43 skolanställda testat positivt för coronaviruset i Seoul-området, enligt utbildningsminister Yoo Eun-Hae.
Under måndagen beslutades att munskydd nu ska bäras både inomhus och utomhus på offentliga platser och att inrättningar som utgör hög risk för smittspridning, exempelvis kyrkor, nattklubbar och karaokebarer, ska hållas stängda.