Testerna genomförs i flera länder. WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus säger vid måndagens virtuella pressträff att testerna pausas medan säkerheten ses över.
Beslutet kommer sedan tidningen The Lancet i förra veckan publicerade en studie som tyder på att risken att dö ökar för covid-patienter om de behandlas med malariamedicinerna.
Hydroxiklorokin har lyfts fram som en möjlig kur mot covid-19 av USA:s president Donald Trump och Brasiliens president Jair Bolsonaro.