Våldet ägde rum i ett fängelse cirka 30 kilometer norr om huvudstaden Tegucigalpa.
De flesta offren brann inne, men det finns även uppgifter om att fångar skjutits, enligt polisen. Anställda på fängelset uppger att åtminstone sju fångar vårdas på sjukhus för skott- och knivskador.
I ett tv-sänt tal sade Julissa Villanueva, vice säkerhetsminister, att våldet troligen startat som en reaktion på myndigheternas försök att stoppa olagliga aktiviteter i fängelser.
– Vi kommer inte att backa, sade hon.
Innan talet lovade hon på Twitter ett tufft svar på våldet och tillkännagav ett nödläge.
Gäng har i stor grad kontrollen i landets fängelser och sätter sina egna regler och säljer förbjudna varor.
Enligt Delma Ordonez, som representerar fångarnas familjemedlemmar, hade medlemmar av ett gäng gått in i ett annat gängs cell och tänt eld på den. Den delen av fängelset ska enligt henne vara "totalförstört".
Cirka 900 fångar finns i fängelset, enligt Ordonez.