Våldsamheterna ägde rum i tisdags i ett fängelse cirka 25 kilometer norr om huvudstaden Tegucigalpa på tisdagen.
Enligt flera uppgifter har medlemmar av ett gäng trängt sig in i en del av fängelset där kvinnor i ett rivaliserande gäng bodde. Där hade de intagna beskjutits, attackerats med machete och angriparna satte eld på platsen.
Den delen av fängelset "förstördes fullständigt" i branden, enligt Delma Ordonez, som representerar fångarnas släktingar.
Fängelset har plats för omkring 900 fångar.
Gäng har i stor grad kontrollen i Honduras fängelser, sätter sina egna regler och säljer förbjudna varor.