Han flögs under torsdagen från Tegucigalpa till USA, i ett flygplan ägt av den amerikanska narkotikapolisen DEA.
Hernández är efterlyst i USA, anklagad för bland annat narkotikahandel. Den 53-årige expresidenten riskerar livstids fängelse om han fälls.
Hernández var landets president 2014–2022 och ersattes i slutet av januari av Xiomara Castro. Han har suttit häktad sedan i februari och har i flera omgångar utretts av amerikanska åklagare för inblandning i knarkaffärer.
Expresidentens bror Tony Hernández dömdes i slutet av mars i fjol till livstids fängelse i USA för narkotikasmuggling.
Juan Orlando Hernández har förnekat all kännedom om knarkpengarna.