Valet kan innebära slutet för Nationalistpartiets tolv år vid makten.
Den enda av presidentkandidaterna som anses ha chans att segra över Hernández handplockade efterträdare Nasry Asfura är Honduras tidigare första dam Xiomara Castro, som representerar det vänsterorienterade Frihet och omstrukturering.
Men oavsett vem som vinner finns risk för oroligheter. Oppositionen har uttryckt oro för ett riggat val och rapporter om hot inför valet har ökat spänningarna. Omkring 18 000 poliser och lika många soldater har skickats ut på gatorna under valdagen.
Valet av Hernández för fyra år sedan är fortfarande omstritt och ledde till dödliga protester och undantagstillstånd.