Kina välkomnar beskedet.
– Med principen om ett Kina som grund, är Kina villigt att att utveckla en relation för vänskap och samarbete med Honduras och andra länder i världen, säger kinesiska utrikesdepartementets talesperson Wang Wenbin.
Taiwan ber Honduras att inte fatta "fel beslut".
"Vi ber Honduras att noga överväga, inte gå i Kinas fälla och fatta fel beslut för att skada den långvariga vänskapen mellan Taiwan och Honduras", heter det i ett uttalande från utrikesdepartementet.
Kina accepterar inte att länder har relationer med både Peking och det taiwanesiska styret i Taipei. Honduras har fram till nu varit ett av bara 14 länder i världen som har diplomatiska förbindelser med Taiwan.
Latinamerika har varit ett viktigt diplomatiskt slagfält för Kina och Taiwan. Flera länder i regionen har dock på senare år valt att byta sida från Taiwan till Kina – Nicaragua, El Salvador, Panama, Dominikanska republiken och Costa Rica.
I ett försök att uppvakta Taiwans allierade har Kina ökat investeringarna i latinamerikanska länder de senaste åren.
I februari presenterade Honduras utrikesminister Eduardo Reina planerna på ett nytt, kinesiskt finansierat, dammbygge. Då sade Reina att man inte skulle upprätta diplomatiska förbindelser med Kina.
Kina har redan finansierat bygget av en annan damm i Honduras genom ett lån på 300 miljoner dollar.