Omkring 500 000 exemplar, att jämföra med den normala upplagan på 80 000, nådde tidningsställen i staden vid midnatt.
– Du vet aldrig när tidningen kommer att dö. Som Hongkongbor måste vi bevara historien och hålla ut så länge vi kan, säger läsaren Tsang, som inte vill uppge hela sitt namn, och som köpte på sig flera exemplar av tidningen.
Människor stod i kö för att köpa tidningen och på en del håll tog den slut, rapporterar BBC.
Ställs inför domstol
På torsdagen greps fem chefer vid tidningen i en polisräd, och många datorer och hårddiskar ska ha beslagtagits på redaktionen. Tillgångar knutna till tidningen värda 18 miljoner Hongkongdollar – cirka 20 miljoner kronor – frystes också.
Två av cheferna vid tidningen kommer att ställas inför domstol på lördag, meddelar polisen. Enligt tidningen är det chefredaktören Ryan Law och vd:n Cheung Kim-hung.
Cheferna misstänks ha brutit mot den kontroversiella säkerhetslag, som kritiserats för att begränsa Hongkongbornas friheter och utarma regionens tidigare relativa oberoende från Peking.
Tre av de gripna släpptes sent på fredagen, lokal tid, mot borgen, skriver Reuters.
Det är andra gången som polisen slår till mot tidningen. I augusti gjordes ett första tillslag, och då greps tidningens ägare, mediemogulen Jimmy Lai. Han sitter sedan i december fängslad och har fått sina tillgångar i landet frysta.
Facket fortsätter
Tidningsbolagets fackförening lovar att fortsätta att rapportera.
"Även om det är svårt under de nuvarande omständigheterna, så kommer vi att fortsätta arbetet med målet att publicera våra tidningar som normalt", säger facket i ett uttalande.
Storbritanniens utrikesminister Dominic Raab skriver i ett Twitterinlägg :
"Räderna och gripandena vid Apple Daily i Hongkong visar att Peking använder sin nationella säkerhetslag för att rikta in sig på avvikande röster, och inte för att hantera den allmänna säkerheten."