Beskedet kommer bara dagar efter att han träffat Kinas president Xi Jinping och andra dignitärer vid Stillahavssamarbetet Apecs toppmöte i Bangkok i förra veckan.
Under hela sin vistelse i Bangkok testade John Lee negativt för coronaviruset, men ett test på flygplatsen i Hongkong på söndagskvällen var positivt, enligt ett uttalande från hans kansli.
De andra i delegationen som reste med Lee till Thailand har alla testat negativt för coronaviruset.
Förutom Xi Jinping träffade John Lee även bland annat Indonesiens president Joko Widodo, Singapores premiärminister Lee Hsien Loong och Kinas utrikesminister Wang Yi.
John Lee kommer enligt uttalandet att isolera sig och arbeta hemifrån den närmaste tiden.