Beskedet kommer efter flera månader av spekulationer då 64-åringen har undvikit att svara på frågor om hon vill fortsätta.
– Jag kommer att fullfölja min femårsperiod som ledare den 30 juni och kommer då officiellt att avsluta min 42-åriga karriär i regeringen, säger hon till reportrar.
Stadens Pekingvänliga valkommitté väljer en ny ledare den 8 maj.
Enligt Lam "förstår och respekterar" Kinas ledare hennes beslut om att inte ställa upp för en ny period och att hon vill tillbringa mer tid med familjen.
– Jag måste sätta mina familjemedlemmar först, och de tycker att det är dags för mig att komma hem, säger hon.
Lam blev Hongkongs första kvinnliga ledare 2017. Hon säger att hon meddelade Peking om sina planer att sluta för över ett år sedan.