Åtta apor hittades döda på söndagen. Ytterligare en apa dog på måndagen efter att ha uppvisat "ovanligt beteende".
Tre av aporna var bomullshuvudtamariner. De är små, trädlevande apor som räknas till världens mest utrotningshotade primater, med färre än 6 000 djur kvar i det vilda.
Bland de andra döda aporna finns en brazzas markatta, en vanlig ekorreapa och fyra sakiapor.
Det är oklart vad som ligger bakom den plötsliga apdöden. Aporna har obducerats och prover har tagits, meddelar myndigheterna. Djurparkens avdelning för däggdjur har stängts och avspärrningar har satts upp.
"Medan vi väntar på testresultaten kommer däggdjursavdelningen vara stängd för desinfektion och rengöring från och med i dag", löd ett uttalande från departementet för fritid och kultur på måndagen.
Djurparken och den botaniska trädgården utgör en oas på knappa sex hektar mitt i mångmiljonstaden Hongkong. Alla övriga djur i parken uppges må bra.