Över 200 poliser sökte på onsdagen igenom Stand News redaktion och sex personer har gripits. Polisen säger i ett uttalande att man fått tillstånd att "leta efter och beslagta relevant journalistiskt material".
Kommittén för att skydda journalister (CPJ) säger att tillslaget mot tidningen är "ett öppet angrepp på Hongkongs redan trasiga pressfrihet".
Den nuvarande chefredaktören samt tidigare chefredaktörer för tidningen uppges vara bland de gripna, rapporterar BBC.
Nättidningen säger i ett uttalande efter polisinsatsen att man lägger ner all verksamhet. Chefredaktören Patrick Lam har lämnat sin post och övrig personal har blivit uppsagd, skriver Stand News på Facebook. Sajten och dess sociala medier kommer inte längre att uppdateras och tas bort inom kort, fortsätter man.
Tillslaget sker dagen efter det att den tidigare mediemogulen Jimmy Lai åtalats för uppvigling. Hans Apple Daily tvingades stänga i somras, sedan myndigheterna fryst tidningens tillgångar.
Hongkong har tidigare haft relativt stor pressfrihet sedan överlämnandet från Storbritannien 1997. Men den kontroversiella och kritiserade säkerhetslagen som drevs igenom förra året har inneburit att pressfriheten kraftigt begränsats i Hongkong, och många bedömare har ansett lagen vara spiken i kistan för yttrandefriheten där.