Lee kommer att ersätta Carrie Lam som har varit Hongkongs chefsminister sedan 2017.
John Lee gick till val med en slogan: "Tillsammans öppnar vi ett nytt kapitel i Hongkong" och utlovade bland annat en omstart för stadens ekonomi.
64-årige John Lee var alltså ensam kandidat och fick 99 procent, eller 1 416 av totalt 1 461 röster, av den Pekingvänliga valkommitté som väljer ledare.
Sedan 2020 har Kina kontrollen över valsystemet i det tidigare i hög grad självstyrande Hongkong. Endast personer som är lojala med kommunistpartiet får ha politiska ämbeten.
Tusentals poliser
Enligt en opinionsundersökning i mars hade 24 procent av befolkningen i Hongkong förtroende för Lee. 12 procent uppgav att de hade förtroende för företrädaren Carrie Lam.
Under valdagen bevakades vallokalen av cirka 7 000 poliser, rapporterar lokala medier.
Tre personer ur ett pro-demokratiska parti protesterade utanför vallokalerna och ropade slagord som "Makten åt folket" och "Fri rösträtt".
"Vi vet att vår protest inte kommer att ha någon effekt men vi vill inte att Hongkong ska vara helt utan röst", säger Vanessa Chan, en av demonstranterna.
Polisen genomsökte demonstranternas tillhörigheter men ingen greps.
Linde oroas
EU fördömer Kinas tillsättning av John Lee, genom utrikeschef Josep Borrell.
Unionen "beklagar" ett sådant övertramp mot "demokratiska principer och den politiska mångfalden", meddelar Borrell i ett formellt uttalande. Han beskriver det som ännu ett tydligt avsteg från principen om "Ett land, två system" som ska gälla mellan Kina och Hongkong enligt överlämningsavtalet från 1997.
Även Sveriges utrikesminister Ann Linde (S) uttrycker oro på Twitter över utnämningen. Linde hänvisar också till EU:s formella uttalande.
Carrie Lam gratulerade under söndagen den nya ledaren och försäkrade att hon kommer att ge det stöd som krävs för att skiftet ska gå så smidigt som möjligt.
John Lee tar över ledarskapet den 1 juli.
Lee är känd för att ha haft ansvar för Hongkongpolisens nedslag på de stora demokratiprotesterna för tre år sedan. Han beskrivs som en man som gjort en klassresa från arbetarklassen till Hongkongs toppskikt.