Domstolen tog upp fallet efter att demokratiaktivisten Jimmy Sham begärt rättslig prövning. Sham hävdade att Hongkongs lagar strider mot den grundlagsskyddade rätten till jämlikhet.
En majoritet av domarna instämde. I ett skriftligt beslut förklarar de att Hongkongs styre bryter mot grundlagen genom att inte låta samkönade par ingå i partnerskap.
De fullständiga äktenskapsrättigheter, som Sham krävt för samkönade par, kommer dock inte att ges.
Inväntar rättegång
Stödet för hbtqi-personers rättigheter har ökat stadigt i Hongkong de senaste åren, speciellt bland den yngre delen av befolkningen.
I maj i år var 60 procent av Hongkongs befolkning för samkönade äktenskap, jämfört med 38 procent år 2013, enligt en undersökning som gjorts av forskare vid flera lokala universitet.
Homosexualitet avkriminaliserades i Hongkong 1991.
Jimmy Sham är en av många som sitter häktad i väntan på rättegång efter att ha deltagit den lokala demokratirörelsens omfattande protester 2019.
Peking stärker greppet
Hongkong kontrollerades fram till 1997 av Storbritannien. Vid överlämnandet till Kina, som skedde enligt principen "ett land, två system", lovade Pekingregimen att upprätthålla demokratiska fri- och rättigheter till år 2047.
De senaste åren har den kinesiska regimen dock kraftigt stärkt sitt grepp om Hongkong, som tidigare har haft ett relativt oberoende från Fastlandskina. Detta har resulterat i stora prodemokratiska protester.
Rättad: I en tidigare version uppgavs fel benämning på partnerskap.