– Tio kroppar har bärgats och 82 personer saknas, bland dem militärpersonal, säger Vijay Bhushan, ansvarig i delstaten Sikkims styre.
De framforsande vattenmängderna har även förstört vägar och minst 14 broar i fyra distrikt.
Sikkim ligger i norra Indien, insprängt mellan Nepal och Bhutan. Sjön Lhonak ligger i basen av en glaciär i närheten av världens tredje högsta berg Kangchenjunga. Kraftiga skyfall föregick översvämningen.
Klimatexperter spår att smältande glaciärer med våldsamma översvämningar som följde kommer bli vanligare i takt med medeltemperaturen i världen höjs. Särskilda varningar har utfärdats för Himalayaområdet.