Gruppen anklagas också för att ge väpnad träning till sina anhängare och radikalisera personer för "anti-indisk verksamhet". Den ska enligt regeringen ha koppling till bland annat IS.
Förbudet kommer efter att över 200 medlemmar gripits och flera tillslag mot gruppens kontor gjorts.
PFI nekar till anklagelserna, och anklagar utredare för att placera ut falska bevis.
Spänningar mellan Indiens muslimer, som utgör cirka 14 procent av den omkring 1,4 miljarder stora befolkningen, och hinduer har länge ökat. Kritiker till premiärminister Narendra Modi menar att regeringens hindunationalistiska politik ligger bakom de ökade motsättningarna.
Indiens regering har genom en särskild order agerat mycket kraftfullt mot verksamheter som anses hota landets integritet och suveränitet, bland annat genom att benämna individer som terrorister även före en rättegång ägt rum.