Soldaterna uppges ha blivit underrättade om att väpnade rebeller rört sig i området. De planerade ett bakhåll, öppnade eld mot en förbipasserande lastbil och dödade sex personer som egentligen bara var på väg hem från sina jobb.
Anhöriga hittade de döda kropparna och det uppstod stor ilska bland byborna. De satte eld på två militärfordon och drabbade samman med soldaterna, som svarade med att öppna eld och skjuta ihjäl ytterligare minst sju personer.
En soldat dödades också i samband med detta och flera skadades, enligt den indiska armén.
Läget i området uppges vara väldigt spänt. Delstatens chefsminister Neiphiu Rio manar alla inblandade till lugn, fördömer våldet mot civila och lovar att saken ska utredas.
Även Indiens inrikesminister Amit Shah beklagar det inträffade och säger att en federal utredning ska säkerställa att rättvisa skipas.
Nagaland med flera granndelstater ligger i ett område nordost om resten av Indien, som omges av Himalaya och kopplas till övriga delstater genom en liten landkorridor. Där verkar sedan länge många separatistgrupper som vill bryta sig fria från Indien och emellanåt strider mot indiska styrkor.