Orsaken är cyklonen Biparjoy, som väntas drabba området senare i veckan.
Cyklonen beräknas vara den mest kraftfulla i området sedan 2021, när 174 personer dog. Dödssiffran blev relativt låg tack vare stora förberedelser.
Även i Indien evakueras tusentals på låglänta områden, meddelar myndigheterna. Man har också förbjudit sammankomster vid stränderna under cyklonens framfart.
– Vi har flyttat 20 580 personer från Gujarats kustdistrikt till hjälpläger där de kommer att få mat, dricksvatten och andra nödvändigheter, säger CC Patel, chef för hjälpinsatser i delstatsregeringen i Gujarat.
Alla hamnar, inklusive Mundra och Kandla som är två av Indiens största, har stängts i förebyggande syfte. Fiskare i båda länderna har manats att stanna på land och att flytta sina båtar till en mer säker plats.
Enligt experter leder klimatförändringarna till allt fler cykloner i området runt det arabiska havet.
Förra året drabbades Pakistan av en förödande översvämning där över 1 700 människor omkom.