De gripna personerna är två signalingenjörer och en tekniker anställda på Indian Railways. De anklagas för vållande till annans död och förstörande av bevis.
Tidigare utredningar har visat att ett signalfel låg bakom olyckan. Bara några dagar efter olyckan lät Ashwini Vaishnaw, minister med ansvar för järnvägen, meddela att man identifierat de människor som bär ansvaret.
Det var den 2 juni som ett fullsatt persontåg av misstag leddes ut på ett stickspår där ett godståg lastat med järnmalm stod parkerat. Persontåget kolliderade med godståget och spårade ur.
De urspårade vagnarna kolliderade sedan med ett tredje tåg som passerade i motsatt riktning.
Säkerheten på järnvägsspåren har förbättrats i Indien de senaste åren efter satsningar på infrastruktur och teknik, men fortfarande sker årligen flera hundra tågolyckor i landet.
Olyckan i juni är en av de värsta järnvägsolyckorna i landets historia. I augusti 1995 dödades 358 människor när två tåg kolliderade nära New Delhi i den svåraste olyckan i landet hittills.